Nội dung thảo luận của buổi Hội thảo đã tháo gỡ được bốn vấn đề chính yếu trong việc quản lý, bảo tồn và  phát huy di sản văn hóa Phật giáo Việt Nam:

Thứ nhất đề cập các vấn đề cơ bản về hệ thống quản lý các đối tượng là di sản văn hóa (vật thể và phi vật thể) của Bộ VHTT&DL và hệ thống quản lý các cơ sở Tự viện của Giáo hội PGVN.

Thứ hai nêu lên những bất cập tại các cơ sở Phật giáo là di tích trong việc quản lý, sử dụng, bảo tồn, tôn tạo, tổ chức các hoạt động và phát huy giá trị các di tích là cơ sở Phật giáo (xếp hạng, tu bổ, tôn tạo, hoạt động văn hóa, tôn giáo, tín ngưỡng, lễ hội, bảo vệ môi trường...)

Thứ ba đưa ra những quan điểm cơ bản, phương thức và kế hoạch hành động trong việc phối hợp giữa Giáo hội PGVN và Bộ VHTT&DL trong việc quản lý, bảo tồn, phát huy các cơ sở và các hoạt động Phật giáo là di sản văn hóa.

Cuối cùng là Dự kiến một số nội dung hoạt động cụ thể thí điểm trong năm 2017.

Phát biểu tại tọa đàm nhà nghiên cứu Trần Đình Sơn, Phó Ban Văn hóa T.Ư GHPGVN nêu lên thực trạng: Quản lý các ngôi chùa được công nhận là di sản văn hóa rất khó khăn. Nhiều chùa cần nâng cấp tôn tạo phải trải qua một quy trình phức tạp và kéo dài gây nhiều bất cập trong việc quản lý, bảo tồn các giá trị văn hóa. 
Nhà nghiên cứu Trần Đình Sơn phát biểu 
Thực trạng mê tín dị đoan: đốt vàng mã hay bán sách tử vi, xem tướng số tại các chùa được công nhận là di sản vẫn diễn ra làm ảnh hưởng đến niềm tin của người dân vào các giá trị văn hóa tốt đẹp mà đạo Phật vẫn hằng giảng giải. Chính vì vậy cần phải có sự vào cuộc của chính quyền địa phương, đặc biệt cần phối hợp giữa Giáo hội PGVN và Bộ VHTT & DL để khắc phục và tháo gỡ những khó khăn này.

Tại buổi tọa đàm, rất nhiều ý kiến của các Hòa thượng, Đại đức cũng đề cập đến vấn đề về vai trò quản lý của nhà chùa đối với từng hạng mục công trình được cấp di sản văn hóa Quốc gia là rất khó khăn. "Đặc biệt với những chùa vùng sâu, vùng xa, vùng thuộc đồng bào dân tộc thiểu số của các tỉnh Cao Bằng, Hà Giang, Lào Cai,... thì việc bảo vệ và phát huy các giá trị văn hóa của di sản còn phức tạp hơn nhiều" - Hòa thượng Thích Gia Quang 
Hòa thượng Thích Gia Quang phát biểu tại tọa đàm 
Lần lượt giải đáp về những quy định trong việc quản lý, bảo tồn, phát huy các cơ sở và các hoạt động Phật giáo là di sản văn hóa; đại diện Cục Di sản văn hóa, Viện Bảo tồn di tích và Thanh tra Bộ VHTT & DL đã nêu ra những nội dung, điều khoản rõ ràng về trách nhiệm, quyền hạn của vị sư trụ trì đối với từng hạng mục công trình và các giá trị văn hóa phi vật thể trong nhà chùa.
Bà Đặng Thị Bích Liên phát biểu 
Bà Đặng Thị Bích Liên, Thứ trưởng Bộ Văn hóa TT&DL đã đặc biệt nhấn mạnh vai trò của Giáo hội Phật giáo Việt Nam trong việc quản lý, huy động, tu bổ, tôn tạo các cơ sở, tự viện khang trang và tích cực bảo tồn những giá trị văn hóa (vật thể và phi vật thể) tại các chùa được công nhận di tích quốc gia.
Buổi Tọa đàm, cũng đã trao đổi một số nội dung cụ thể về những thí điểm thể hiện sự phối hợp công việc trong